●月形刑務所(2020年11月、2021年5～6月）
刑務官2名、受刑者6名のクラスターが発生（月形町公式サイト ※2021.4閲覧）。これが日本の刑事施設で初めてのクラスターとなった。その後、2021年5月12日に刑務官1名の陽性が判明、濃厚接触者の検査の結果、5名（刑務官1名、受刑者4名）の感染が確認され、クラスターと認定された（北海道ニュースUHB21.5.25 19:10報道）。同月30日には受刑者の感染は8名に、6月3日には14名となった（月形町公式サイト ※2021.7.12閲覧）。
●横浜刑務所（2021年1月～2月、7月）
2020年12月に職員の感染が確認され、翌年2月10日までに、受刑者129人、職員17人の計146人の感染が確認された。クラスター発生当初の収容者889名のうち200名を外部の刑事施設に移送し、受刑者を単独室に収容（日経新聞 21.2.8 15:38報道）。2021年1月12日から原則として面会を実施しない措置をとった（「面会のため矯正施設に来訪される方へのお願い」令和3年1月12日掲載）。同刑務所では2020年夏には作業中は受刑者に布マスクを着用させていたというが、受刑者によると、作業以外ではマスクの着用は許可されておらず、2021年1月7日にようやく布マスク1枚が支給されたとのこと（毎日新聞21.2.12朝刊）。その後、2021年7月にも、横浜拘置支所の職員1名を含む7名のクラスターが発生している(東京新聞21.7.15 18:03報道)。
●千葉刑務所（2021年1月～2月）
職員9名、受刑者85名のクラスターが発生（千葉市「刑務所における新型コロナウイルス感染者の集団発生について（第7報）」）。職員から感染が広がったとみられるという（朝日新聞21.2.8 16:25報道）。千葉地裁での一部の刑事裁判で期日が取り消されたり、延期されるなどの影響が出た（東京新聞21.1.22 19:47報道）。
●函館少年刑務所（2021年1月～2月）
合計27人の感染が確認された（函館市「新型コロナウイルス感染症患者の発生について 令和３年２月１５日」）。
●宮城刑務所仙台拘置支所（2021年3月）
2021年3月14日の時点で、40名の感染者が確認された（朝日新聞21.3.16 11:00報道）。※上記の「法務省関連の新型コロナウイルス感染症感染状況」では、「宮城刑務所」としてカウントされている。
●麓刑務所（2021年5月）
2021年5月18日の時点で、受刑者5名の感染が確認された。5人はそれぞれ単独室に入っていたが（読売新聞21.5.19 13:17報道）、5人には一定の接触があったという（毎日新聞21.5.19地方版）。その後、20日には刑務官1名の感染も確認された（西日本新聞21.5.21 11:15更新）。
●京都刑務所（2021年7月）
2021年7月、3名の刑務官の感染が確認され、その後さらに刑務官3名の感染が確認されてクラスター認定された。一部を除いて受刑者の刑務作業を停止されたという（京都新聞21.7.30 19:53報道）。その後、さらに職員1名、受刑者1名の感染が確認されている。
●水戸刑務所（2021年8月）
8月8日に受刑者8名の感染が発表され、その後さらに1名の収容者の感染が確認された（茨城新聞21.8.10）。刑務所内での作業中に接触したとみられるという（茨城新聞21.8.9）。8月14日にも職員の感染が確認され、茨城県によりクラスター認定された（東京新聞21.8.14 19:28報道）。8月17日の時点で、感染者は計15人（東京新聞21.8.17 21:02報道）、21日には合計20人となった（東京新聞21.8.21 21:23報道）。
●札幌刑務支所（2021年8月）
8月11日以降感染者が相次ぎ、20日にクラスター認定された（NHK NEWS WEB21.8.20 17:37）。22日の時点で、感染者は、受刑者14人と職員5人のあわせて19人（NHK NEWS WEB21.8.22 18:39）。
●神戸刑務所（2021年8月～9月）
8月31日、男性受刑者12名の感染確認を発表。明石市により、26日に感染が判明した職員を含めてクラスターと判断された（神戸新聞21.8.31 19:02）。さらに受刑者6名の感染が確認され、9月3日の時点で感染者は合計19名となった。受刑者はいずれも20代～50代の男性（神戸新聞21.9.2 16:50／21.9.3 14:44）。さらに受刑者の感染が確認され、5日の発表では感染者は合計23名に（神戸新聞21.9.5 17:35）、15日には合計33名となった（神戸新聞21.9.15 14:21）。
●神戸拘置所（2021年8月～9月）
8月21日以降、被収容者7人と職員1人の感染が判明、神戸市によりクラスターが発生したと判断された。感染者同士の接触状況などは保安上の理由から明らかにしていない（神戸新聞21.9.6 14:29）。
●福井刑務所（2021年9月～10月）
9月29日、福井刑務所の受刑者7名の感染が発表された。この7名は同じ部屋に収容されており、3名が体調不良を訴えたため7名を検査して感染が判明した。福井刑務所は受刑者と職員合わせて430名余りを検査する予定だという（福井テレビ21.9.29 17:00）。10月4日、全職員133名を対象にした一斉検査で1名の職員とその同居家族の感染が確認されたことが発表された（福井テレビ21.10.4 17:00）。
●大分刑務所（2022年1月）
2022年1月6日、大分刑務所が刑務官2名の感染を発表（朝日22.1.7 10:00）。これを受けて100人規模の検査を実施した結果、新たに刑務官11名と被収容者1名の感染が確認された。大分県は、オミクロン株の疑いがある県内初のクラスターと判断（朝日22.1.8 17:00）。1月23日までに、刑務官17名、被収容者5名の感染が確認された（刑事施設における新型コロナウイルス感染症感染状況）。
●京都刑務所（2022年1月～2月）
2022年1月21日の時点で、職員と収容者合わせて計41名の感染が確認された（京都22.1.21 19:12）。
●函館少年刑務所（2022年1月～3月）
1月22日にクラスターが発生（函館市「函館市のクラスター発生の状況」）。同月28日の時点で、被収容者と刑務官の合計9名の感染者が確認された（北海道新聞22.1.28 15:52報道）。終息日は3月15日で合計感染者数は45名となった（函館市「函館市のクラスター発生の状況」）。
●静岡刑務所（2022年1月～2月）
職員13名の感染が確認され（テレビ静岡22.1.26）、1月25日にクラスターとして認定された。同月29日の時点で職員13名と被収容者3名の合計16名（静岡市 市内59例目の集団感染（クラスター）の概要（静岡刑務所）1月29日時点）、2月9日の時点で職員22名と被収容者17名の合計39名の感染が確認されている（FNN22.2.9 17:45）。
●熊本刑務所（2022年1月）
1月28日、職員と被収容者合わせて10名のクラスターが確認された（西日本新聞22.1.29 16:03更新）。
●神戸刑務所（2022年2月～）
2月10日、受刑者5名の感染が判明し、クラスターと認定された（神戸新聞22.2.10 18:40）。
●徳島刑務所（2022年2月）
2月12日、職員や受刑者ら8名の感染が判明し、クラスターと認定された（朝日新聞22.2.13 10:00）。
●横須賀刑務支所（2022年2月～）
2月14日、職員4名と受刑者37名の計41名の感染が確認されてクラスターと認定された（神奈川新聞22.2.14 23:51）。同月18日にも新たに受刑者23名の感染が確認され（神奈川新聞22.2.18 22:30）、3月4日の時点で合計78名（神奈川新聞22.3.4 19:25）、同月12日の時点で合計82名の感染が確認されている（神奈川新聞22.3.13 18:37）。
●山形刑務所（2022年2月～3月）
2月22日に職員1人の感染を発表、この職員と接触のあった受刑者と職員に検査を行った結果、職員4人の感染が判明し、24日にクラスターとして認定された（山形テレビ22.2.24）。その後、3月11日に複数の受刑者がのどの痛みなどを訴え、検査により12名が陽性となり、さらに検査を進めたところ21名の感染が判明した。受刑者にはマスクを渡し、常に着用するよう指導していたという（読売新聞22.3.12 16:31）。
●岐阜刑務所（2022年2月～）
2月22日、受刑者8人と刑務官2名の感染を発表。この時点で、第6波の感染者は累計34名となる。刑務所総務部によると「刑務官から受刑者に感染を広げている可能性が高い。対策を徹底する」とのこと（岐阜新聞22.2.22 22:05）。その後、28日にも刑務官2名と受刑者2名の感染が確認されている（岐阜新聞22.2.28 19:38）。
●旭川刑務所（2022年3月～）
3月3日、5名の感染が発表されるとともに、クラスターが発生したと発表された（HTB北海道ニュース22.3.3 16:22）。
●千葉刑務所（2022年3月～）
3月7日、新たに受刑者3名の感染が判明し、既に感染判明済みの職員2名と受刑者5名と合わせて計10人のクラスターが確認された（千葉日報22.3.7 15:53）。
●長崎刑務所（2022年3月～）
職員1名と受刑者18名が感染し、長崎県によって3月9日にクラスターと認定された。感染した受刑者は敷地内で隔離されているという（西日本新聞22.3.9 18:17）。感染者は、3月13日時点で職員3名と被収容者34名（長崎文化放送22.3.13）、同月21日時点で合計64名に拡大している（長崎放送22.3.21 19:02）。
●鳥取刑務所（2022年3月）
3月2日から13日までに職員6名、被収容者13名の感染が確認され、鳥取県94例目のクラスターと認定された。鳥取県のクラスター対策特命チーム及び鳥取県新型コロナウイルス感染症対策専門家チームが立ち入りを行うという（鳥取県 新型コロナウイルス感染症特設サイト 22.3.14閲覧）。
●加古川刑務所（2022年3月～）
3月26日、被収容者7名の感染が明らかになり、クラスター認定された（神戸新聞22.3.26 17:30）。
●佐賀少年刑務所（2022年3月～）
4月1日までに職員3名と被収容者10名の感染が確認され、クラスターが発生したと発表された（西日本新聞22.4.2 11:30）。9日の時点で、職員4名、受刑者29名の感染が判明しており、他の刑務所との移送を一時停止したという（佐賀新聞22.4.10 7:15）。
●岡山刑務所（2022年4月～）
被収容者7名の感染が確認され、クラスター認定された。いずれも症状は軽いとのこと（山陽新聞22.4.21 20:02）。
●横浜拘置支所（2022年4月～）
4月27日にクラスター発生が発表された（神奈川新聞22.4.27 16:36）。
●徳島刑務所（2022年5月～）
5月5～9日に職員1名と受刑者5名の感染が判明し、クラスター認定された。「業務に支障はない」とのこと（徳島新聞22.5.11 9:10）。
●高知刑務所（2022年6月～）
月8日、職員1名と受刑者7名の感染が判明し、クラスター認定された。（FNN22.6.8 16:20）
●岡山刑務所（2022年4月～）
被収容者7名の感染が確認され、クラスター認定された。いずれも症状は軽いとのこと（山陽新聞22.4.21 20:02）。
●横浜拘置支所（2022年4月～）
4月27日にクラスター発生が発表された（神奈川新聞22.4.27 16:36）。
●徳島刑務所（2022年5月～）
5月5～9日に職員1名と受刑者5名の感染が判明し、クラスター認定された。「業務に支障はない」とのこと（徳島新聞22.5.11 9:10）。
●高知刑務所（2022年6月～）
6月8日、職員1名と受刑者7名の感染が判明し、クラスター認定された。（FNN22.6.8 16:20）
●福島刑務所（2022年6月～）
福島刑務所で初のクラスター確認。5月24日に男性職員の感染が判明し、その後、6月20日までに受刑者6名の感染が確認された。男性職員から感染が広がったとみられている（福テレ22.6.20 14:50）。7月5日までに、職員3名、受刑者38名に拡大（福テレ22.7.5 16:30）。
●大阪刑務所（2022年7月～）
7月4日、受刑者17名の陽性が判明。翌5日、職員3名と受刑者の計23名の感染を発表し、市保健所が刑務所内でクラスターが発生したと認定した。感染者はいずれも軽症で、施設内で隔離されているという（毎日22.7.5 19:07）。7日までに、職員と受刑者の計82名に拡大（時事22.7.7 19:09）。13日までに合計191名となった（毎日22.7.15地方版）。
●高松刑務所（2022年7月～）
7月10日までに、受刑者11名の感染が確認され、クラスターとなった（瀬戸内海放送22.7.11 16:42）。8月24日の時点で、職員78名、収容者305名の感染が判明。死亡者はいない。高松矯正管区によると、「感染の拡大で隔離の対応が追いつかなかった」。症状別に部屋を分けで感染者を収容するなどしたが、職員が定期的に巡回する必要もあり、完全な隔離は難しかったという（KSBニュース22.08.24）。
●郡山拘置支所（2022年7月～）
7月19日に職員5人の感染が確認され、クラスター認定された（福島民報22.7.20 09:15, 毎日新聞福島22.7.20）。21日にもさらに職員2名の感染が確認された（福島民報22.7.22 09:20）。
●岡山刑務所（2022年7月～）
7月5～24日に職員14名、受刑者7名が感染（読売22.7.26岡山）。27日にはさらに受刑者3名の感染が確認され（読売22.7.28岡山）、7月1日から8月末までで受刑者70名、職員34名の感染が確認された。感染者と濃厚接触者は受刑者が大勢いる建物とは別の棟にそれぞれ隔離する処置を実施し、食事など世話をする職員も専属にしたという。刑務作業は7月中旬から中断（山陽新聞22.9.3 20:17）。
●宮崎刑務所（2022年7月～）
7月20日、受刑者10名のクラスターが発生。8月2日までに、受刑者と職員合わせて89名の感染が確認されている（宮崎放送22.8.2 18:55）。
